در صبحگاه 17 ذیحجه 953ق در روستای جبع(زادگاه شهید ثانی) نوزادی چشم به جهان گشود که وی را محمد نامیدند. محمد در دامان پاک خانواده ای روحانی تربیت یافت.

حکومت صفویه مذهب تشیع را مذهب رسمی کشور اعلام کرد. فقیهان بلند آوازه شیعه برای استفاده از این موقعیت طلایی، به دربار صفویه راه یافتند تا بتوانند شاهان صفوی را برای گسترش تشیع به خدمت بگیرند. فرصت های ناب پیش آمده در دوره صفویه، اندیشه وران تیزبین شیعی را بر آن داشت که با تمام تنفری که از پادشاهان خونریز صفوی داشتند برای ترویج فرهنگ اسلام راستین به دربار راه یابند و خدمات فرهنگی، سیاسی، اجتماعی و اقتصادی شایانی بنمایند. تشویق پادشاهان صفوی به بازسازی و احداث مساجد، مدارس علمیه، زیارتگاه ها، کاروانسراها و… از فعالیت های علمای شیعی است. امام خمینی(ره) در این باره می فرماید:

یک طایفه از علما، اینها گذشت کرده اند از یک مقاماتی و متصل شده اند به سلاطین. با اینکه می دیدند که مردم مخاف بند(با سلاطین)، لیکن برای ترویج دیانت و ترویج تشیع اسلامی، ترویج مذهب حق، این ها متصل شده اند به یک سلاطینی و این سلاطین را وادار کرده اند، خواهی نخواهی برای ترویج مذهب تشیع.

این ها آخوند درباری نبودند. این اشتباهی است که بعضی نویسندگان ما می کنند… این ها اغراض سیاسی داشتند. اغراض دینی داشتند. نباید تا یک کسی به گوشش خورد که مثلاً علامه مجلسی رضوان الله علیه محقق ثانی رضوان الله علیه … شیخ بهایی رضوان الله علیه با این ها روابط داشتند و می رفتند سراغ این ها، همراهی شان می کردند، خیال کند که اینها مانده بودند برای جاه…

آن ها گذشت کردند، گذشت. یک مجاهده نفسانی کرده اند. برای اینکه مذهب را به وسیله آن ها، به دست آن ها ترویج کنند.

- شیخ بهایی 30 سال در سفر بود. به مصر، سوریه، حجاز، عراق، فلسطین، لفغانستان و… رفت و با علما و مردم آن مناطق به گفتگو پرداخت. او مبلّغ نستوه تشیع بود و رنج سفر را به جان خرید و برای زنده نگه داشتن فرهنگ شیعی زحمت فراوان متحمل شد.

- شیخ بهایی پس از سال 1006ق. شیخ الاسلام اصفهان بود. اصفهان در سال 1006ق. از سوی شاه عباس کبیر پایتخت ایران شد. با انتخاب اصفهان به پایتختی، مهاجرت علمای شیعه از سراسر جهان اسلام به این شهر رونق گرفت. مدت زمانی بعد شیخ از مقام شیخ الاسلامی استعفا داد و از سال 1012ق. تا سال 1019ق. به سفر رفت. سپس به اصفهان برگشت و تا آخر عمر در آن شهر ماند و به عنوان شیخ الاسلام ریاست علمای شیعه را بر عهده گرفت.

- شیخ بهایی در علوم مختلف فقه، اصول، تفسیر، حدیث، رجال، درایه، ادبیات، ریاضیات، جبر، هندسه، اسطرلاب، هیئت جفر و… آثار فراوانی به زبان های فارسی و عربی نوشت.

وصال

نوشته اند: زمانی شیخ بهایی به همراه گروهی از شاگردانش برای خواندن فاتحه به قبرستان رفت. بر سرِ قبرها می نشست و فاتحه ای نثار گذشتگان می کرد، تا این که به قبر بابا رکن الدین رسید. آوایی شنید که سخت او را تکان داد. از شاگردانش پرسید: شنیدید چه گفت؟ گفتند: نه.

شیخ بهایی پس از آن، حال دیگری داشت. همواره در حال دعا و گریه و زاری بود. گرچه او هیچ گاه از عبادت غافل نبود ولی اکنون بیش از پیش، به مناجات و دعا اهمیت می داد. مدتی بعد شاگردانش از او پرسیدند آن روز چه شنیدی؟ او گفت: به من گفتند آماده مرگ باشم.

شش ماه گذشت. دوازدهم شوال 1030ق.(یا 1031ق) فرا رسید. مرگ به پیشواز شیخ بهایی آمد. او نیز سبک بال به سوی معبود پَر کشید. بیش از پنجاه هزار نفر مردم اصفهان در تشییع جنازه او شرکت داشتند. اصفهان پایتخت صفویه غرق در ماتم بود. ملا محمدتقی مجلسی بر وی نماز گزارد و سپس پیکرش را به مشهد مقدس بردند و بنا بر وصیتش او را در خانه اش که نزدیک حرم امام رضا علیه السلام قرار داشت، به خاک سپردند. اکنون آرامگاه شیخ بهایی در یکی از رواق های حرم مطهر امام رضا علیه السلام قرار دارد.