همان طور که عواملی موجب تسریع اجابت دعا می شود، عللی نیز وجود دارد که مانع اجابت دعا می گردد، که به برخی از آنها اشاره می شود:

الف) گناه

گناه دشمن دیرینه ی انسان و دور کننده ی او از نعمت های الهی و مانع بزرگ در مسیر کمال او به شمار می رود. دعای فرد گنه کار به اجابت نمی رسد و ناله هایش شنونده ای ندارد. امام باقر علیه السلام می فرماید:

«انسان گاهی حاجتی دارد و از خدا طلب می کند و خداوند ضمن قبول آن انجامش را به وقت مناسبی وا می گذارد، ولی بنده در این مدت مرتکب گناه می شود؛ خداوند به مأمور اجابت دعا امر می کند: خواسته اش را اجابت نکن و او را از این لطف محروم نما که خشم ما را برانگیخت و شایسته ی بی اعتنایی است.»

ب) تقاضای امر محال یا غیر جایز

اجابت دعا از جانب خداوند پس از حصول شرایط در صورتی است که آنچه از خدا خواسته ایم شدنی و ممکن باشد و در عین حال نامشروع نباشد. از حضرت امیرالمؤمنین علی علیه السلام سؤال شد:

«فایّ دعوهٍ اضلُّ؟ الدّاعی بِما لا یَکُون»

«کدام دعا گمراهی است؟ فرمود: دعا کردن و خواستن کارهای نشدنی و غیرممکن.»

ج) مخالفت با مصلحت فرد

توانایی خداوند در انجام خواسته ی بندگان، جای شک نیست؛ ولی گاهی بنده، چیزی را می خواهد که به مصلحت او نیست، در حالی که خود نمی داند و خداوند که به همه ی جوانب زندگی اش آگاه است، به دلیل لطفی که به بندگانش دارد، آن دعا را مستجاب نمی کند:

«عَسی اَن تَکرَهُوا شَیئَاً وَ هُوَ خَیرٌ لَکُم وَ عَسی اَن تُحبُّوا شَیئَاً وَ هُوَ شَرٌّ لَکُم وَ اللهُ یَعلَمُ وَ اَنتُم لا تَعلَمُون»

«چه بسا چیزی بر شما ناگوار و ناخوشایند باشد، در حالی که خیر و صلاح شما در آن است و همچنین شاید چیزی را دوست بدارید که ضرر شما در آن باشد و خدا آگاه است و شما بی خبرید.»

د) مهیا نبودن شرایط و زمان اجابت

مناسب نبودن زمان و شرایط از جمله موانع اجابت دعاست. چه بسا شخص دعا کننده گمان کند که خواسته اش رد شده و ناامید گردد، در حالی که نباید قطع امید کند، امام صادق علیه السلام می فرماید:

«اِنَّ المُؤمِنَ لِیَدعُوا فَیُؤَخِّرُ اِجابته اِلی یَومِ الجُمعَهِ»

«مؤمن دعا می کند و خداوند اجابت آن را تا روز جمعه به تأخیر می اندازد.»