آستان مقدس امامزاده محمد (علیه السلام) در شهرستان اصفهان، بخش مرکزی، خیابان وحید واقع شده است. مساحت کل امامزاده 3500 متر مربع و مساحت زیر بناي آن 450 متر مربع شامل حرم و چهار رواق اطراف آن، به اضافه سالن اجتماعات چند منظوره آن است که ساخته گردیده است. ساختمان قدیمی این امامزاده، نسبتاً مختصر و ساده بوده؛ ولی در دوره اخیر تجدید بنا گردیده است. تزیینات داخلی بقعه شامل آینه کاري تا سقف و اضلاع حرم می باشد. ارتفاع گنبد دو پوش امامزاده از کف به 24 متر می رسد. ضریح فلزی امامزاده به ابعاد 3×2 از جنس استیل روي سنگ مزار امامزاده قرار گرفته است. ارتفاع دو گلدستۀ زیباي امامزاده از کف به 24 متر می رسد. مردم و اهالی به این امامزاده بزرگوار احترام و حرمت ویژه ای قایل هستند. در حال حاضر، حرم مجلّلی دارد که در داخل حرم، از آینه کاري و گچ بري و نقاشیِ جالبی، استفاده شده و نماي ایوان حرم، کاشی کاري گردیده و در کتیبه اطراف آن، سوره جمعه روي کاشی خشت، با خط ثلث سفید، جلب نظر می نماید و در آخر آن نوشته شده: سنه 1399 قمري، کاشی سازي ایلیا اصفهان.

در کتیبه گنبد جالب و زیباي امامزده، با خط ثلث سفید، آیاتی از قرآن نوشته شده و تاریخ 1412 در آخر آن، ذکر گردیده است. در طرف شرق ساختمان امامزاده، سالنی زیبا براي اقامه نماز جماعت و مراسم مذهبی و مجالس دینی به سبک جدید ساخته شده و در تزیین آن، از گچ بري و کاشی کاري (در محراب) استفاده شده است. بالاي درب ورودي حرم، روي کاشی خشت آبی با خط سفید نستعلیق، نوشته شده: امامزاده محمد بن زید بن حسن بن علی بن ابیطالب. ساختمان قدیمی امامزاده با مصالح خشت و گل در زمان صفویه به 100 متر مربع رسیده که در سال 1352 ساختمان  تخریب و به مرور زمان و به تدریج مراحل ساخت زیارتگاه تا سال 1388 به طول انجامیده است. تاریخ ساخت اولیه بنا به تاریخ 1375/5/16 هجری شمسی بر می گردد. که دارای جاده آسفالته می باشد. امامزاده توسط هیئت امنا اداره می شود. هم چنین دارای مدیر مرکز فرهنگی قرآنی و خادم  می باشد. دارای امکانات رفاهی از قبیل آب، برق، گاز، تلفن، سرویس بهداشتی، سالن فرهنگی می باشد.