آستان امامزادگان جعفر و مرتضی (علیهما السلام) در شهرستان اصفهان، بخش مرکزی، شهر اصفهان، در خیابان هاتف واقع شده است. ساختمان هر دو امامزاده تخریب نگردیده و فقط بازسازی و مرمت شده است. ساختمان امامزاده جعفر (علیه السلام) در ابعاد 20 متر مربع بوده که در 17 سال پیش توسط فرزندان سید مرتضی ابطحی بعد از مرگ ایشان تعمیرات داخلی حرم صورت گرفته و سنگ کاری دور ساختمان انجام شده است. ضریحی از جنس فلز استیل با روکش آب طلا و نقره در ابعاد 2/5×3 متر مربع که روی سنگ مزار امامزاده جعفر (علیه السلام) قرار دارد.

ساختمان امامزاده جعفر (علیه السلام) فاقد تزئینات داخلی و رواق می باشد. ارتفاع گنبد کاشیکاری شده امامزاده جعفر (علیه السلام) به 15 متر مربع می رسد. مساحت ساختمان بقعه امامزاده مرتضی (علیه السلام) در مجاورت حرم امامزاده اسماعیل (علیه السلام) است 40 متر مربع می باشد. این ساختمان با مصالح خشت و گل داشته که از قدیم به همین صورت بوده است و تاکنون بازسازی نشده و تنها درب ورودی آن تعویض گردیده است. این بنا فاقد هر گونه رواق و تزئینات می باشد. ارتفاع گنبد تا کف حدود 40 متر می باشد. مساحت کل صحن امامزادگان جعفر و مرتضی (علیه السلام) 1200 متر مربع می باشد.